福田氏は「少なくとも政治的活動への助長、促進だったと考えている」と述べた。今回の認定が教育基本法が排除する教育への「不当な支配」に当たるとの指摘に対しては「法令の趣旨にのっとり、その定めるところにより適正に行われる教育行政機関の行為は『不当な支配』に当たるものではない」との見解を示した。
調査結果について、①抗議船によるプログラムを組み、実施していた②研修旅行初日の開会礼拝のメッセージで牧師から複数年にわたって、法令に反するものを含め、抗議活動に関する説明が行われていた③研修旅行のしおりにヘリ基地反対協議会による座り込みをお願いする文書を掲載していた④これらと並行して生徒の考えが深まるようなさまざまな見解を十分に提示していなかった―と、改めて説明した。